Założona w XII wieku Uniszowa należeć miała do Benedyktynów Tynieckich. Wzmianka o osadzie zawarta jest w dokumencie z 1105 roku kardynała Idziego, biskupa tuskulańskiego i legata papieża Kaliksta II. W myśl tego dokumentu klasztor tyniecki otrzymał od królowej Judyty, drugiej żony księcia Władysława Hermana, wdowy po królu węgierskim Salomonie szereg posiadłości między Wisłoką, Białą i Dunajcem, do których to należała również Uniszowa. Pierwsza pewna wzmianka o Uniszowej pochodzi z 1389 roku, wystąpił wtedy przed sądem ziemskim Mikosz de Uneschowicz. Miejscowość należała do benedyktynów Tynieckich do roku 1407, następnie przeszła w ręce szlacheckie. W końcu XIV wieku znajdowała się w dobrach szlacheckich. Wtedy też przeniesiono jej lokację na prawo niemieckie, co poświadcza też po części jej układ łańcuchowy złożony wzdłuż potoku Szwedka.
W 1430 roku jako posiadacz wsi wzmiankowany był Mikołaj z Burzyna – miał ją zakupić od Paszka z Kielanowic. W 1581 roku wieś znajdowała się (ponownie?) w rękach Kielanowskich i przynależała do parafii w Ryglicach.
Wiadomo, że w XV wieku prowadził przez Tuchów – Bistuszową – Uniszową – Ryglice – Kowalowy – Jodłową trakt kupiecki do doliny Wisłoki. W XVI wieku wioska należy do powiatu Bieckiego, należała już wtedy do parafii w Ryglicach. Pod koniec XIX wieku powstaje murowany dworek oraz park dworski.
W początku XIX wieku wieś Uniszowa należała do rodziny Ząbeckich. W 1894 majątek ziemski został wystawiony na sprzedaż. Zakupił go Józef Jędrzejowicz. W początkach XX wieku przechodzi on w ręce Bossowskich, następnie Korytowskich, a w 1920 Boryczków. Budynek dworu wzniesiony został w 1880 roku z fundacji Franciszka Ząbeckiego. W 1914 r. na terenie Uniszowej, Bistuszowej i Ryglic odbyła się bitwa pomiędzy wojskami austriackimi a rosyjskimi.